2000年，一个科学探险队在南极洲针对被称作“第一使徒”亚当的“光之巨人”进行探险。在对其进行接触实验时，“光之巨人”自毁，从而发生了“第二次冲击”，进而导致世界大战。最后，人类人口减半，地轴偏转、气候改变。根据对“第二次冲击”的调查，联合国在日本箱根成立人工进化研究所（即 GEHIRN）从事EVA（指机器人）的发展研究，后GEHIRN利用在人工进化研究所下方发现的巨大空洞建造了总部。 另一方面，联合国下属秘密组织SEELE为了使人类进化，开始实行人类补完计划，就是将所有人的灵魂汇集在一起，通过中和每个人的AT力场，使每个人回归LCL之海。 2004年，EVA初号机进行启动试验时发生事故，碇真嗣的母亲碇唯消失，碇源渡开始执行“碇源渡版本的人类补完计划”。2010年，GEHIRN被改建成NERV。 2015年开始，根据SEELE人类补完计划剧本的安排，一种巨型人形生物“使徒”开始在日本登陆，并向NERV总部进攻，NERV组织EVA消灭使徒。在NERV与使徒作战的同时，碇源渡秘密地执行它自己的计划。随着时间推移，碇源渡的计划逐渐被SEELE发现，NERV与SEELE产生了矛盾并不断恶化。 Director's Cut版本的第21～24集由剧场版《Death》篇剪辑而成，收录在20周年纪念版的蓝光中。

很久很久以前……在原始的混沌之海中，从无边的黑暗中诞生了唯一一个纯真的意志……这个意志所产生的力量，让原本一片虛无的混沌之海发生变化。如造物主般分出了无数世界，这些世界是由无数石柱一般长杖支撑在混沌之海上。她，是这世间万物的母亲。因此，有了神、有了魔……也有了人类。神与魔不断地纷争，神为了保卫世界而战；魔为了争取长杖毀灭世界而战。造物主沉眠了……她被魔族奉为大王--金色魔王，也是帶來恶梦的魔王。在这个世界，赤眼魔王卢比埃和龙神史菲德为了各自的目的而战……龙神史菲德费劲心力将卢比埃击败，并将它分为七部份……但史菲德也累了，为了防范魔族的行动，他化为四个分身固守着四方。一千年前，魔王的一部份觉醒了。它率领着魔族们向史菲德的一個分身--水龙王挑战。魔王五个手下中的四个设下了结界，由它和魔龙王一起直接跟水龙王决斗。魔王的计划，宣告失败。卢比埃被打倒，魔龙王被封印。魔族的行动渐趋寂静……一千年后，一名天才美少女诞生了。她名叫莉娜·因巴斯（LinaInverse），和伙伴高里·布列夫（GourryGabriev）一起踏上旅程。但，魔族们仍不停止动作。它们期待着真正的王能回來，也就是--金色魔王，带来恶梦的魔王……

63年后的未来世界由于人口过多，甚至订定了生2个小孩为死刑的法律。在这样的时代里被称为“超级花花公子（メガプレイボーイ”的男人拥有100人以上的小孩，而且其DNA被继承了下来。 政府派出了“DNA操作者”葵华林（葵加玲）来到过去的时代，企图改变这个男人的DNA。然而这个男人桃生纯太却是个不受女性青睐、不可靠，离超级花花公子10万8千里的人。华林本来应该是依照预定达查成了任务，但却弄错了改写DNA的子弹（DCM弹），使得纯太开始出现觉醒为超级花花公子的征兆。

东京私立贵大高等学校高一年级的学生弄内洋太追求同学早川然美，正当他准备告白时，却发现然美喜欢的是他的好友——同班同学新舞贵志，于是他陷入了无奈与失落。一个人走在回到家的路上，洋太的情绪十分低落，自己也不知道怎么就走到了一家名叫GOKURAU的出租录影带的商店前。洋太走过一排排录影带架后，在一盒录影带前停了下来：《安慰——天野爱》。借回家的录影带在播放过程中，天野爱居然从画面中走出！爱鼓励洋太要努力追求真爱，并以洋太妹妹的身份住在洋太家中。谁也没有想到，一段感人的恋爱故事就这样开始。